Para alterar o valor do NF-e siga os passos abaixo:
Notas: Somente para os pedidos que não foi emitidos
1.Clique na Engrenagem>Configurações de Pedidos
2.Vai na coluna de Loja Associada e clique em Associar Loja+
3. Selecione a loja aonde vocês pretendem alterar em massa os valores do NF-e, selecione a opção Personalizado
4. Assim insira a porcentagem do valor do NF-e( Se o valor do pedido for R$100 e se você preencher 80% o valor que vai aparecer no NF-e seria R$80). E por fim clique em Associar